サイトを作成する際に、tableで構成したサイトとCSSで構成したサイトとではSEO的に効果の違いがあるのでしょうか？

結論から述べると、SEO的に効果の違いがあるといえます。

tableは基本的に表の作成に用いるものであり、
レイアウトの調整に使うためのタグではありません。
レイアウトでtableを使用することは
論理構造を無視していますのでSEO的にも適しておりません。

また、tableで構成したサイトはソースコードが複雑になりやすくなることに比べ、
cssで構成したサイトはソースコードをシンプルにできるため、
検索エンジンがソースコードを読み込みやすくなるという利点もあります。

CSSは更新作業も簡単に行える為、
サイトを構成する際にはCSSを使用することをおすすめ致します。