サイト内で内容が重複しているページがあるのですが、 仕様上リダイレクトができず、head内を修正することもできないためcanonicalの設置もできません。何か良い方法はありますか？

完全に重複している内容でしたら、リダイレクト処理、もしくは
canonical設置を行うのが一番望ましい対応ですが、
サーバーやCMSの仕様の問題で実行できない場合がございます。

かといっていつまでも重複をそのままにしておいては、
検索エンジンに重複を認識され評価を下げる可能性が
あります。

そこで、完全に重複しているページであれば、インデックスの
有無とリンクの有無を確認して、どちらが不要なページか確認し、
削除頂くことが必要です。
その際、リンク切れにならないように削除するページに向けられ
ていたリンクのURLを残すページのURLに変更する対応と、
必要なURLのみsitemap.xmlに含めてGoogleに送信する
対応を忘れず行ってください。

また、若干でも違いがありそれぞれ必要なページである場合は、
その固有の内容をtitle、description、h1タグ内及び本文に
記述し、異なるコンテンツとして認識されるようにします。

重複は、サイト全体の評価を下げる大きな要因のひとつですので、
仕様の問題があってもあきらめず、少しでも改善できることを
実行していってください。