GoogleがWebマスターツールで提供を開始した 不自然なリンクを否認するツールでリンクを否認すると、 具体的にどうなるのですか？また、否認するリンクの リストはどのファイル形式でアップロードすればよいのでしょうか？

このツールを使うと、どのリンクを否認したいかをGoogleに指定することができます。Googleはそれらのリンクを無視する（評価しない）ようになります。

ただし、rel=”canonical”と同様に、指示ではなく”提案”として取り扱い、個別のケースについては、Google独自の判断を優先することがあります。

また、アップロードするファイル形式については、プレーンテキスト形式（txtという拡張子を持つファイル形式）になります。

プレーンテキスト形式以外のファイル（.pdf、.doc、.xls、.xlsk形式など）をお送りいただいてもGoogle側でシステムに正常に反映することができず、否認の処理が行われませんので、ご注意下さい。