動的なサイトを制作しようと考えているのですが、FLASHもしくはHTML5でサイトを制作しようと考えています。 どちらがSEO向きでしょうか。

アニメーションの美しさを表現できるFLASHですが、クローラーはswfの内容を多少理解できているようですが、正確に把握できていないと考えられます。

一方で同じようにリッチコンテンツで表現することが可能となっているHTML5は、アニメーションの動きごとに別のURLクローラーがサイトのコンテンツ内容を理解し、コンテンツをindexすることが可能です。
また、マークアップ自体に意味を持たせることが可能となっているため、ページの論理構造化が検索エンジンに伝わりやすいとも考えられます。

上記の点でSEO向きと言えます。

もしフルFLASHのようなサイトを制作する予定であれば、HTML5で制作することをおすすめします。

ただし、HTML5が全てのブラウザに対応しているわけではないため、その点を考慮し制作を進めてください。