GoogleとYahoo!で順位が大幅に違うケースがあるのですが、アルゴリズムにYahoo!独自のものが加わったということですか？

既にご存知の方もいらっしゃる通り、2010年12月にYahoo!の検索アルゴリズムがGoogleに統合されました。
しかしながら、ご質問にある通りYahoo!とGoogleで検索順位が大幅に違うというケースが見受けられます。
結論から言うと、大半の場合、自然検索結果と同じように表示されるGoogleプレイスの情報を順位チェックツールがカウントしてしまうことにより発生します。

例えば、「ハウスクリーニング」というキーワードを検索した場合、Googleはプレイスページが検索結果に表示されますが、Yahoo!はサービスの違いから表示されません。
この場合に、順位取得ツールによっては、プレイスの検索結果を順位としてカウントしている為に、GoogleとYahoo!で差異が発生することになります。

この様に、大抵の場合はGoogleとYahoo!のサービスによる差、そして順位取得ツールの計測の仕方によって差異が発生している状況ですので、Yahoo!に独自のアルゴリズムが加わったことにより順位に差異が発生している状況にはないと考えられます。